根是植物之本，根际生态系统使土壤生态系统中与植物关系最紧密的一部分，它的平衡，可以极大地减少外来病虫害对植物的侵袭，保持微生物的活跃，提升土壤中养分的利用率，极大地减少化肥农药的使用量。
作物根与土壤之间有一粘液层，它是由新生根的根冠、根毛、表皮细胞分泌的粘液、根际微生物分泌物、脱落细胞的降解产物等组成的。此粘液层的厚度可达１０－５０微米，粘液层具有亲水性，土壤中的可溶性养分可以溶解于内而被根系吸收。粘液层中含有大量有机物质，是微生物繁殖生存的天然培养介质。
大多数植物98%的养分采集工作由根际生态系统协助完成，其中的共生微生物系统将转化好的可溶解的营养成分与水扩散向植物的根部。
但是，由于前面分析的不科学的农业耕作方式，土著微生物群落被大量破坏，植物养分摄入变得困难，抵抗力减弱，导致更多的作物病害。由此，农作物需要浪费18-25％其净光合系统产生的能量来增强自身，健康生长。
